« Yak X », un bovin disparu sorti de l'ADN de la grotte de Denisova

La grotte de Denisova, en Sibérie, avait déjà révélé une humanité inconnue grâce à l'ADN d'un fragment de phalange. Elle livre maintenant un grand herbivore oublié. Une équipe du Centre de paléogénétique de Stockholm publie dans Current Biology vingt génomes d'un bovin proche du yak, surnommé « yak X ». Il a côtoyé l'aurochs et le bison des steppes sans que ses génomes gardent de trace significative de métissage avec eux. Ses auteurs y voient une espèce à part entière, une conclusion encore discutée.

Des os trop petits pour être reconnus

La grotte de Denisova a livré des dizaines de milliers d'esquilles d'os, trop fragmentées pour être reconnues à leur forme. Pour les trier, les chercheurs analysent leur collagène, dont les protéines suffisent à distinguer un bovin d'un cheval ou d'un cerf. Les fragments de bovins sont ensuite passés aux généticiens.

La découverte s'est faite en deux temps. En novembre 2025, Alexandre Gilardet, Love Dalén et leurs collègues publiaient dans Genome Biology and Evolution l'analyse de l'ADN mitochondrial de plusieurs dizaines d'os de bovins de l'Altaï. Douze d'entre eux formaient une branche inconnue, apparentée aux yaks mais très éloignée de tous les yaks actuels. Ils l'avaient baptisée « yak X ». Mais l'ADN mitochondrial, transmis par la seule mère, ne suffit pas : chez les bovins, qui se sont souvent croisés, une lignée maternelle à part peut aussi bien trahir une espèce distincte qu'une population hybride.

La nouvelle étude apporte ce qui manquait : vingt génomes nucléaires, quatorze tirés de fragments de Denisova et six d'os provenant de quatre autres sites de la région Altaï-Saïan, jusqu'aux abords de l'Oural. La qualité est très variable. La couverture va de 0,01× à 10,7× : certains génomes ne sont lus qu'à une infime fraction, et la reconstruction démographique la plus exigeante repose sur un seul génome de yak X, le mieux couvert.

Plus de 200 000 ans de présence

Radiocarbone, datation moléculaire et position des os dans les couches de la grotte se combinent. Le plus ancien fragment vient d'une couche de la galerie sud de Denisova datée entre environ 247 000 et 202 000 ans. Le plus récent, daté directement au radiocarbone à environ 27 200 ans, a été trouvé près de Kourtak, sur l'Ienisseï. Le yak X a donc traversé plusieurs cycles glaciaires dans la région.

Une espèce à part, selon les auteurs

Dans les arbres de parenté, les génomes de yak X forment un groupe à part, voisin des yaks actuels ; le chromosome Y le confirme. L'écart génétique, mesuré par un indice classique (le F_ST) vaut 0,42 entre yak X et le yak sauvage. C'est comparable à l'écart entre le bison d'Europe et le bison d'Amérique (0,52) ou entre la vache européenne et le zébu (0,35), des couples que l'on traite comme des espèces ou des sous-espèces bien distinctes.

Selon les génomes, la séparation d'avec les ancêtres des yaks actuels s'amorce il y a environ 400 000 ans. L'ADN mitochondrial donne environ 384 000 ans, avec une fourchette de 449 000 à 322 000 ans. C'est nettement plus récent que les 675 000 ans avancés en 2025, un écart qui pourrait, selon les auteurs, s'expliquer par une meilleure couverture et un filtrage plus strict des données. Le chromosome X, lui, indique une date plus jeune. Les auteurs en déduisent une spéciation lente : les deux populations auraient continué à échanger des gènes pendant un temps, avant de s'isoler presque complètement vers 250 000 ans. Le début de la séparation coïncide avec un long interglaciaire chaud, il y a 426 000 à 396 000 ans.

Voisin de l'aurochs et du bison, sans métissage détecté

C'est peut-être le résultat le plus frappant. Dans les mêmes couches de Denisova vivaient aussi des aurochs et des bisons des steppes. Les auteurs ont cherché dans les génomes de yak X des traces d'hybridation avec ces voisins, et n'en ont trouvé aucune significative. Le contraste avec les humains de la même grotte est net : Néandertaliens, Dénisoviens et humains modernes s'y sont croisés à plusieurs reprises.

Avec les yaks du plateau tibétain, les échanges génétiques semblent aussi avoir été limités. Seuls quelques individus récents de yak X partagent un peu plus de variants avec les yaks actuels. Ce signal est faible, et il peut aussi bien refléter un ancien métissage qu'une structure interne de la population. Le Tian Shan, le bassin du Tarim et le Gobi auraient fait barrière entre les deux lignées.

Un déclin au dernier interglaciaire

Les génomes permettent aussi de suivre la population au fil du temps. Après sa séparation, le yak X connaît un déclin lent et prolongé au cours du Pléistocène moyen. Autour du dernier interglaciaire, il y a 130 000 à 115 000 ans, une période chaude où la forêt a progressé, les génomes d'avant et d'après forment deux groupes distincts, et la diversité génétique semble baisser. Les auteurs évoquent un goulot d'étranglement ou un renouvellement de population. Ils précisent toutefois que la comparaison repose sur deux génomes anciens contre sept récents, et qu'elle n'a pas été testée statistiquement.

Le génome le plus récent, vieux de 27 200 ans, ne montre en revanche pas de forte consanguinité récente. Ce seul individu ne permet pas, à lui seul, de dater le début du déclin final.

Une « nouvelle espèce » ? Pas si vite

Plusieurs titres annoncent une nouvelle espèce. C'est l'interprétation des auteurs, qui appelle trois précautions.

D'abord, aucun nom scientifique n'a été créé, et c'est voulu. Faute d'os identifiables, l'animal n'a ni description anatomique ni spécimen de référence. Les auteurs proposent seulement un rapprochement avec le « yak du Baïkal ». Ce yak fossile de Sibérie, plus grand et plus robuste que les yaks actuels, avait été décrit par des paléontologues russes à partir d'os des membres. Pour vérifier l'hypothèse, il faudra séquencer un os de yak du Baïkal identifié par sa forme : d'où le « cf. », qui marque une attribution provisoire.

Ensuite, on ignore à quoi il ressemblait. Love Dalén a déclaré à IFLScience qu'on pouvait raisonnablement l'imaginer semblable au yak de l'Himalaya, son plus proche parent. Mais il rappelle aussitôt l'exemple des ours brun et polaire, séparés à la même époque et pourtant très différents. Les reconstitutions qui circulent sont donc des hypothèses.

Enfin, le statut d'espèce est discuté. Le paléoanthropologue John Hawks, de l'université du Wisconsin, a commenté l'étude sur son blog le 8 octobre. Une forte divergence génétique ne suffit pas, selon lui, à définir une espèce à elle seule. Il reconnaît que l'absence de métissage notable est l'argument central des auteurs, mais laisse la question ouverte, avec un penchant sceptique. Il compare ce cas au débat, toujours ouvert, sur le statut des Dénisoviens, eux aussi connus surtout par leur ADN. Les auteurs reconnaissent eux-mêmes des limites : un échantillonnage inégal, dominé par Denisova où l'ADN se conserve exceptionnellement bien, et des biais d'analyse qui compliquent la détection de métissages discrets.

L'Altaï, réservoir d'espèces oubliées

Des lignées très divergentes avaient déjà été repérées dans l'Altaï chez les rhinocéros, les chevaux, les aurochs et les bisons, sans compter les Dénisoviens. Pour les auteurs, la région a servi de refuge pendant les cycles glaciaires.

Comme pour le génome du rhinocéros laineux tiré de l'estomac d'un loup, la paléogénomique fait apparaître des animaux que les os seuls ne permettaient pas de reconnaître. Le yak X a vécu des centaines de milliers d'années à deux pas de nos cousins humains. Cette lignée génétique n'avait pas été identifiée avant 2025, et son apparence reste à découvrir.