Un génome de rhinocéros laineux retrouvé dans l'estomac d'un louveteau

Comment lire l'ADN d'un animal disparu il y a plus de dix mille ans ? En l'occurrence, dans l'estomac d'un prédateur. Des chercheurs ont reconstitué le génome d'un rhinocéros laineux à partir d'un morceau de viande resté intact dans l'estomac d'un louveteau momifié, congelé dans le pergélisol sibérien depuis 14 400 ans. Une prouesse — et une bonne nouvelle inattendue sur les causes de l'extinction de l'espèce.

Un louveteau congelé depuis 14 400 ans

L'histoire commence près du village de Tumat, en Iakoutie, où des chasseurs d'ivoire de mammouth ont exhumé du pergélisol deux louveteaux remarquablement conservés — l'un en 2011, l'autre en 2015. Peau, fourrure, dents : tout est resté en place, figé par le froid. Âgés d'environ deux mois à leur mort, ces petits offrent une fenêtre rarissime sur la faune de la fin de l'âge de glace.

Mieux encore : leur dernier repas était toujours là. Dans l'estomac de l'un d'eux, les scientifiques ont identifié les restes d'un petit oiseau, des brins d'herbe arctique… et un morceau de chair couverte de poils jaunâtres. Cette viande, parfaitement préservée, appartenait à un rhinocéros laineux.

Un génome… dans un estomac

C'est là que la découverte devient exceptionnelle. À partir de ce fragment de chair, l'équipe est parvenue à extraire puis à assembler un génome nucléaire à haute couverture du rhinocéros laineux — 10,1 fois en moyenne, de quoi lire l'essentiel du patrimoine génétique, même si toutes les bases ne sont pas couvertes. L'ADN du loup, lui, n'a pas été « évité » mais mesuré puis filtré : les lectures de loup représentent 2,3 % en moyenne, un extrait trop contaminé a été écarté, et un tri sévère au moment de l'appel des variants a fait le reste. Selon l'université de Stockholm, c'est la première fois qu'on obtient ainsi le génome d'un animal de l'âge de glace à partir de l'estomac d'un autre.

Un dernier repas devient ainsi une capsule temporelle : en avalant ce morceau de rhinocéros il y a 14 400 ans, le louveteau a, sans le savoir, préservé pour la science le génome de sa proie. Rien ne dit d'ailleurs qu'il l'ait tuée : à deux mois, il a bien plus probablement mangé ce que les adultes de sa meute avaient rapporté — ou trouvé une carcasse.

Un rhinocéros en pleine santé génétique

Quand une espèce s'éteint lentement, à bout de souffle, ses derniers représentants en portent souvent la trace dans leur ADN : faible diversité, signes de consanguinité, accumulation de mutations néfastes. On s'attendait à retrouver de tels stigmates chez ce rhinocéros tardif. Or il n'en est rien.

Comparé à deux génomes de rhinocéros bien plus anciens — 18 400 et 48 500 ans —, celui-ci ne montre ni réduction de la taille de population, ni érosion génomique. Les longs segments homozygotes, signature d'une consanguinité récente, sont rares : les auteurs en déduisent une population encore stable quelques siècles seulement avant l'extinction. Une réserve s'impose : trois individus ne résument pas une espèce, et ne rien détecter n'est pas prouver qu'il n'y avait rien.

Le climat, plutôt que le déclin

Quel bouleversement ? Les auteurs pointent un suspect : le réchauffement brutal qui marque la fin de la dernière glaciation, l'interstade dit de Bølling-Allerød. En quelques siècles, la steppe froide et sèche dont dépendait le rhinocéros a cédé la place à des paysages plus humides et boisés, bouleversant sa nourriture et son habitat.

La découverte vient ainsi nourrir le grand débat sur la disparition de la mégafaune glaciaire : chasse humaine ou changement climatique ? Pour le rhinocéros laineux, le calendrier plaide plutôt pour le climat — une espèce en bonne forme génétique, qui disparaît au moment précis où son monde bascule. Un argument de poids, qui n'exclut pas que d'autres facteurs, la chasse comprise, aient achevé des populations déjà fragilisées.

Pour en savoir plus sur ce géant à deux cornes, son épaisse toison et son monde de glace, retrouvez notre fiche complète sur le rhinocéros laineux.